Il palazzo fu una delle molte dimore signorili costruite dai Farnese nei propri domini. Inizialmente doveva avere caratteristiche difensive come era comune nelle dimore signorili del territorio laziale tra XV e XVI secolo.
Con la costruzione di questa grandiosa opera, realizzata in soli 27 anni, si avviò una serie di lavori per adattare l’assetto urbano alle esigenze architettoniche del palazzo, abbattendo alcuni edifici per costruire ponti ed una inconsueta via diritta che avrebbe attraversato il centro abitato, dai piedi del paese fino al piazzale del palazzo.
Il primo progetto del Palazzo Farnese di Caprarola, voluto dal card. Alessandro Farnsese il vecchio, fu affidato ad uno dei più importanti architetti dell’epoca, Antonio Sangallo.
Nel 1530 iniziarono i lavori ma già nel 1534 vennero sospesi a seguito dell’investitura pontificia del card. Alessandro Farnese a Papa Paolo III.
Qualche anno più tardi il nipote di Paolo III, Card. Alessandro il giovane, si ritirò a Caprarola per dimenticare l’uccisione del padre Pier Luigi (duca di Castro), nel palazzo di Piacenza, e le disavventure che la famiglia dovette subire causate in parte dalla rivalità di quei nobili che si erano visti strappare il papato ed il controllo su alcune terre strategiche.
Alessandro Farnese s’innamorò subito di Caprarola essendo il luogo vicino a Roma e per l’aria così salubre che vi si respirava. Pensò quindi di riprendere il sogno di suo nonno Paolo III.
Fu così che nel 1559 su disegno di Jacopo Barozzi detto il Vignola, iniziarono i lavori dell’opera più insigne dei Farnese, più grande e fastosa del Palazzo Farnese di Roma.
Vi lavorarono i pittori più importanti, gli architetti più illustri, il meglio del meglio che a quei tempi si potesse avere nello studio di una grande pianificazione urbanistica che vide, appunto, non solo la realizzazione del Palazzo ma anche la ricostruzione del nucleo urbano che rigorosamente doveva essere adattato alla mole ed al pregio del Palazzo.